Αναφερόμενοι στις πηγές που χρησιμοποίησε ο Παρθένιος είναι αδύνατο να αποφύγουμε και το θέμα με τα σύντομα σημειώματα που υποτίθεται ότι καταγράφουν ακριβώς αυτές τις πηγές. Ο ίδιος ο Παρθένιος σιωπά συνήθως για τις πηγές του, αν και στο επιστολικό προοίμιο αναφέρει ο ίδιος ότι χρησιμοποίησε ποιητικά έργα για το σκοπό του. Πιθανώς όμως χρησιμοποίησε και πεζά έργα, ιστορικά, συλλογές μύθων ή άλλου τύπου. Ένα πιθανό παράδειγμα για το τελευταίο είναι η ιστορία του Πάρη, της Οινώνης και του Κόρυθου (4 και 34), όπου πιθανή πηγή είναι ένα πεζό τρωικό ρομάντζο του Ηγησιάνακτα. Επίσης η ιστορία της Ηρίππης και του εραστή της από τη Γαλατία (8), η οποία τοποθετείται στην ιστορική εποχή, μπορεί να προέρχεται από κάποιο πεζό πρωτότυπο. Πάντως ο ίδιος ο Παρθένιος αναφέρει μόνο ποιητικές πηγές: το Νικαίνετο (11), τον Αλέξανδρο τον Αιτωλό (14), το Νίκανδρο (34) και «αυτόν που έγραψε την Κτίση της Λέσβου» (21), ίσως τον Απολλώνιο το Ρόδιο.
Τα σύντομα σημειώματα που καταγράφουν τις πηγές του Παρθένιου δεν αποτελούν τμήμα του κειμένου στο χειρόγραφο που διασώζει το έργο, αλλά είναι προσαρτημένα στο πάνω ή κάτω περιθώριο των ιστοριών στην οικεία σελίδα.[1] Το ίδιο συμβαίνει και στο κείμενο του Λιβεράλη, το οποίο διασώζεται στο ίδιο χειρόγραφο. Τα σημειώματα προέρχονται από το χέρι του αρχικού αντιγραφέα και, όπως οι τίτλοι των ιστοριών, είναι σε κεφαλαία. Τα σημειώματα που σχετίζονται με τη συλλογή του Παρθένιου καταγράφουν 29 συγγραφείς: 11 ποιητές, 17 πεζογράφους και μία αμφίβολη περίπτωση. Είναι απίθανο να περιλαμβάνονταν στην αρχική έκδοση του έργου, να ήταν δηλαδή πόνημα του ίδιου του Παρθένιου, αφού τα σημειώματα των ιστοριών 11 και 34 δεν αναφέρουν καν την πηγή που ομολογεί ο ίδιος ο Παρθένιος ότι χρησιμοποίησε! Η δημιουργία αυτών των σημειωμάτων γενικά δεν έχει ερμηνευτεί ικανοποιητικά, αλλά σίγουρα είναι μεταγενέστερα του συγγραφέα μας. Είναι δελεαστικό να θεωρήσουμε ότι καταγράφουν πράγματι με ακρίβεια τις πηγές του Παρθένιου, αλλά τίποτε δεν αποκλείει να καταγράφουν απλώς έργα, στα οποία ένας λόγιος ή ένας μορφωμένος αναγνώστης θα μπορούσε να βρει τις ίδιες ιστορίες σε πιο αναλυτική μορφή. Ίσως η αλήθεια να βρίσκεται κάπου στη μέση. Άγνωστο επίσης παραμένει πότε συντάχθηκαν για πρώτη φορά και από ποιον, αν και η διαδικασία θα μπορούσε να είναι αθροιστική, δηλαδή έργο πολλών διαδοχικών λογίων, αρχίζοντας ακόμη και αμέσως μετά την έκδοση του έργου.
[1] Δεν διαθέτουν όλες οι ιστορίες αυτά τα σημειώματα.